Орган центрального государственного управления по церковным вопросам в 1649-1677 и в 1701-1725 гг. Создание М. п. исследователи связывают с различными причинами, в т. ч. с процессом абсолютизации светской власти и ее наступлением на права Русской Церкви, развитием поместного землевладения и сословным оформлением духовенства. К сер. XVII в. церковные владения стали чрезвычайно обширными и разнообразными по формам управления и подсудности: духовные лица, а также население церковных вотчин подлежали ведению и суду (как духовному, так и гражданскому) патриарха, епархиальных архиереев, властей крупных монастырей. Многочисленные и различные по содержанию жалованные и несудимые грамоты позволяли отдельным обителям и духовным лицам апеллировать к царскому суду. Особую группу составляли государевы монастыри и церкви, к-рыми с сер. XVI в. ведал приказ Большого дворца. В его структуре в 20-40-х гг. XVII в. упоминается специальное повытье по церковным вопросам - Монастырский и Переносных дел приказ.
Чересполосица в управлении и отсутствие специального органа сословного суда для духовенства создавали сложности в предъявлении исков духовным лицам и жителям церковных вотчин (ограничение срока подачи исков неск. днями в году, необходимость выезжать в епархию по месту подсудности духовных лиц и проч.). В 1642 и 1648 гг. на царское имя подавали челобитные «разных чинов люди» об устранении этих проблем. Ответом властей стало учреждение М. п.
Создание М. п. было зафиксировано в гл. Соборного уложения 1649 г. Оно закрепило за М. п. полномочия «во всяких исцовых искех суд давати» на «митрополитов, и на архиепископов, и на епископов, и на их приказных и дворовых людей, и на детей боярских, и на их крестьян, и на монастыри, на архимаритов, и игуменов, и на строителей, и на келарей, и на казначеев, и на рядовую братью, и на монастырских слуг, и на крестьян, и на попов, и на церковной причет» (Соборное уложение. 1987. Гл. 13. Ст. 1). Взаимные иски духовных лиц также рассматривали в М. п. Судебные полномочия М. п. включали дела гражданские, финансовые, административные. Духовный суд оставался в компетенции церковных иерархов, а решение мелких исков - до 20 р.- было отнесено к полномочиям местных светских властей. Из подсудности М. п. была выведена Патриаршая область, на территории к-рой эти функции выполнял Патриарший Разрядный приказ.
Из Приказа Большого дворца в М. п. перешли дела по организации сбора гос. податей с монастырских земель и ружных церквей и веде́ние учета монастырского имущества. В 1662 г. для улучшения финансового контроля над своими землями М. п. провел перепись монастырских дворов. По ее результатам в ве́дении М. п. оказалось 476 монастырей с 87 907 дворами (ЗОРСА. Т. 2. С. 401-422).
Структурно М. п. был оформлен как самостоятельное учреждение в 1650 г. До 1656 г. в состав судей приказа входили лица духовного звания, напр. архим. Чудова мон-ря Ферапонт, старец Новоспасского мон-ря Пафнутий (Еропкин). В дальнейшем штат М. п. состоял исключительно из светских лиц - судьи, 3 дьяков, 20-40 подьячих разных статей. В XVII в. М. п. возглавляли: кн. И. А. Хилков (1651-1655, 1666), кн. Д. С. Великого-Гагин (1655-1657), окольничий И. Ф. Стрешнев (1657-1664), думный дворянин И. А. Прончищев (1665), окольничий кн. И. П. Барятинский (1665), окольничий кн. Д. А. Долгорукий (1666-1668), думный дворянин С. И. Заборовский (1668-1676), окольничий И. С. Хитрово (1677).
Создание М. п. вызвало недовольство духовенства. Непримиримым противником нового учреждения был патриарх Московский и всея Руси Никон (Минов). Он последовательно обличал основное нарушение, допущенное при создании М. п.,- право светских лиц судить духовенство. Наиболее подробно он обосновал свою позицию в ответе на 26-й вопрос в соч. «Возражение или разорение».
В духовной среде недовольство М. п. проявилось на Большом Московском Соборе 1666-1667 гг. Русские иерархи адресовали вост. патриархам вопрос о правомерности суда «мирских людей» над «церковным и духовным чином» и «их людьми». Ответ патриархов был предельно ясен: «Ни в чем не судить, а судить их во всяких делах архиереям, каждому в своей епархии или кому повелят от духовного чина, а не от мирских» (МДИР. Т. 2. С. 369). В 1668 г. был создан особый Патриарший Духовный приказ, к-рый осуществлял суд над духовенством по любым делам и над всеми светскими лицами по брачно-семейным делам (насильственные, незаконные браки и проч.), разбирал преступления против Церкви, вел борьбу со старообрядчеством. В 1668 - 70-х гг. XVII в. духовные приказы во главе с представителями духовенства были созданы и в епархиях.
По итогам Собора 1667-1668 гг. М. п. был лишен судебных полномочий, но продолжил существовать, сохранив финансовые и адм. функции. Лишь после смерти царя Алексея Михайловича по челобитью патриарха Московского и всея Руси Иоакима (Савёлова) именным указом царя Феодора Алексеевича 19 дек. 1677 г. было предписано «Монастырскому приказу не быть». Его дела были переданы в Приказ Большого дворца, а «денежные всякие доимки… и доимочные деньги» - в Новую четверть (2 ПСЗ. Т. 2. № 711. С. 148).
Возрождение М. п. в нач. XVIII в. исследователи рассматривают в общем контексте церковной и податной реформ царя Петра I Алексеевича, когда первостепенной задачей стало пополнение казны в условиях Северной войны и создавались армия и флот. 24 янв. 1701 г. именным царским указом М. п. был восстановлен; его разместили на патриаршем дворе, «где был Патриарший разряд» (Там же. Т. 4. № 1829. С. 133). В его ведение вновь были переданы все монастырские дела и дела архиерейских домов из Приказа Большого дворца. В судебную компетенцию М. п. вошли гражданские и уголовные дела в отношении духовенства и населения церковных вотчин. Духовные дела остались в ведении Патриаршего Духовного приказа. Впервые в компетенции М. п. оказались дела «дома Святейшего патриарха», переданные из Патриаршего Дворцового приказа.
В основном М. п. занимался финансами: сбором государевых податей с монастырских и церковных земель, веде́нием приходо-расходных книг, составлением описей монастырского имущества. М. п. собирал и церковные пошлины (подати, сборы, десятильничий доход, богаделенные деньги, «на подмогу» полковым священникам, ставленные, епитрахильные, орарные, с «венечных памятей», славленные и т. д.). Вплоть до 1722 г. полномочия М. п. четко оформлены не были, по мере развития гос. реформы имп. Петра I в компетенции М. п. оказывались новые вопросы: сборы стрелецких денег, корабельный сбор, сбор на строение мостов, распределение земельных дач за службу из церковных вотчин, забота о раненых и увечных солдатах, содержание госпиталя в Москве, поставка драгунских лошадей и фуража, содержание полка, сыск и возврат беглых на церковных землях и др. (Там же. Т. 6. № 4081). В 1701-1707 и 1710 гг. М. п. проводил переписи монастырских владений, однако удовлетворительных окончательных результатов они не дали. В 10-х гг. XVIII в. в М. п. вели работу по составлению штатов для патриаршего и архиерейских домов и мон-рей, к-рая из-за отрицательного отношения духовенства не была завершена.
В состав М. п. вошел Печатный двор (1701), на балансе приказа находилось московское Заиконоспасское уч-ще, приказ выделял средства на организацию школ в епархиях.
Штат приказа по сравнению с XVII в. не претерпел серьезных изменений. Во главе М. п. стояли судьи: гр. И. А. Мусин-Пушкин (1701-1715), кн. П. И. Прозоровский (1715-1720), В. С. Ершов (1721-1723), К. Л. Чичерин (1723-1725). Под началом судьи работали попеременно 4 дьяка, в приказе было до 17 повытий с общим числом подьячих ок. 100 чел. С 1715 г. штат М. п. был укомплектован 2 секретарями, 2 дьяками, 13 канцеляристами, 87 подканцеляристами и копиистами.
Первоначально М. п. был подчинен царю, а в 1711 г. вошел в сферу надзора вновь созданного Сената. С 20-х гг. XVIII в. наблюдается последовательное сокращение полномочий М. п. Указом от 17 авг. 1720 г. М. п. был закрыт. 14 февр. 1721 г. имп. указом была создана Духовная коллегия (Синод), к-рой было «повелено: патриаршие, архиерейские и монастырские вотчины, которые ведомы были в Монастырском Приказе, сборами и правлением ведать в одном Духовном Синоде». По ходатайству Синода М. п. вскоре был восстановлен в составе синодального управления, значительная часть финансовых функций М. п. была передана коллегиям - Штатс-конторе и Камер-конторе. В 1720 г. суд над духовенством, церковнослужителями и населением церковных вотчин из компетенции М. п. был передан во вновь созданную Юстиц-коллегию, а на местах - в губернские и земские канцелярии. В 1721 г. из-за большого количества жалоб суд над духовенством был передан Синоду, а над монастырскими крестьянами - М. п. Наконец, указ Синода от 4 сент. 1722 г. оставил в компетенции М. п. лишь суд по гражданским вопросам над крестьянами, проживавшими в епархиальных и монастырских вотчинах, а земли бывш. Патриаршего дома были вновь переведены в ведение Патриаршего Дворцового приказа (2 ПСЗ. Т. 4. № 4081).
14 янв. 1725 г. указом Сената М. п. был переименован в Синодального правительства камер-контору, президентом к-рой стал «того же приказу судья Кирил Чичерин» (Там же. Т. 7. № 4632. С. 401). Полномочия камер-конторы уже в 1726 г. были переданы в ведение Коллегии экономии.